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Único monumento nacional do concelho, as ruínas arqueológicas encontram-se em local pouco elevado, mas dominando visualmente a paisagem a sul, até Beja.

As suas origens estão associadas à época romana, altura em que foi instalada uma villa no centro de uma exploração agrícola. No entanto, acredita-se que a sua ocupação inicial remonta à Idade de Ferro. Por volta de finais do IV milénio, já os nossos antepassados do neolítico final tinham escolhido aquele local de habitat, talvez temporário, uma vez que não foi encontrada qualquer estrutura associada aos materiais arqueológicos dessa época.

Sem dúvida, foram as realizações do período romano que, de forma indelével, marcaram este sítio. Com algumas descontinuidades, transformações e adaptações, a ocupação deste mesmo espaço prolongou-se até aos finais do século XVIII.

No período mulçumano (séc. X ou XI) estabeleceu-se no edifício uma comunidade de frades que ali viveu possivelmente até à segunda metade do sec. XII, tendo S. Cucufate por seu padroeiro.

O edifício foi abandonado, talvez por ameaçar cair em ruína. No decorrer das escavações arqueológicas descobriu-se nas traseiras da villa o cemitério medieval dos frades. A adaptação da antiga villa a templo cristão deixou marcas na arquitetura.

A descoberta de pinturas murais nas ruínas de São Cucufate contribuiu para colocar este importante marco da história local no caminho da rota dos frescos. As pinturas estiveram durante muito tempo escondidas por detrás de uma camada de cal.

Após a villa romana ter sido considerada um monumento nacional, o IPPAR criou em Vila de Frades um Núcleo Museológico na Casa do Arco, edifício cedido pela Câmara Municipal da Vidigueira.