File:Intergen51 fc40 clostridia.png

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Description

Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs continus de 1 à 40 pbs sont présentés ici regroupés par leur forme dissymétrique D2 de la plage 7-18 des fréquences. Voir le tableau de classement de ces diagrammes et sa légende.

Les abscisses sont les fréquences unitaires et les ordonnées leurs pourcentages en pour mille (%). La courbe de tendance est un polynôme de d°12 (poly 12) représentée par son coefficient de détermination R2. Y est ajouté le total de l'effectif des intercalaires positifs continus du génome (total). Les étiquettes représententent les fréquences multiples de 6. Sous chaque diagramme j'ai mis
- mx12, l'intercalaire maximum de la plage 7-18 des fréquences. Je l'ai utilisé pour ordonner, en tri croissant, chaque groupe.
- i.6, indice par fréquence de la plage 0-6, pour comparaison avec l'indice i.18 suivant.
- i.18, indice par fréquence de la plage 7-18, sert à déterminer la symétrie de cette plage en renfort des pentes p18 et p42 et du rapport i.18/30 suivant.
- i.18/30, rapport de l'indice i.18 sur l'indice i.30 de la plage 19-30. L'indice i.30 est dans la colonne correspondante du tableau de classement.
Le calcul de l'intercalaire est fait méthodiquement sur le tableur calc de LibreOfiice.
Voir la construction de ces diagrammes dans la page de chaque génome xxx intergen51 où xxx est le code KEGG [1]. Le code KEGG est sur fond jaune dans le diagramme. Cette page présente
- le gènome en détail dont le lien à la source des donnée NCBI,
- permet de retrouver les 2 colonnes du diagramme dans les données intercalaires
- et présente les courbes de tendances sous forme de plynômes de d°3 dans les diagrammes CDS-CDS positifs.
Les liens à ces pages sont     ban    psor   scc   bsu    cle    apal   lmo
Date 27.09.24
Source Own work
Author Mekkiwik

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current10:53, 28 September 2024Thumbnail for version as of 10:53, 28 September 20241,839 × 612 (207 KB)Mekkiwik (talk | contribs)mise à jour suite au changement du format du diagramme, le regroupement des génomes suivant leur forme et non suivant leur clade, et l'ajout des indices de fréquences i.18 et 18/30.
08:15, 11 September 2024Thumbnail for version as of 08:15, 11 September 20241,867 × 586 (193 KB)Mekkiwik (talk | contribs)Passage de effectif à %
10:16, 28 January 2023Thumbnail for version as of 10:16, 28 January 20231,871 × 572 (191 KB)Mekkiwik (talk | contribs)Suite à une modification globale de ces diagrammes, je les publie regroupés par clade et non génome par génome.
14:55, 8 January 2022Thumbnail for version as of 14:55, 8 January 20221,323 × 811 (175 KB)Mekkiwik (talk | contribs)ajout du diagramme x+ 31-400 avec la colonne reste
17:17, 15 December 2021Thumbnail for version as of 17:17, 15 December 20211,317 × 811 (145 KB)Mekkiwik (talk | contribs)suppression du diagramme ase x+ 31-400, inutile
20:48, 11 December 2021Thumbnail for version as of 20:48, 11 December 20211,314 × 806 (174 KB)Mekkiwik (talk | contribs){{Information |Description=Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs, continus et discontinus de 1 à 400 pbs et de 31 à 400, sont présentés ici pour montrer la grande différence entre continus et discontinus. Les abscisses...

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